Höyük dergisi (ISSN: 1309-8780 | e-ISSN: 2822-3985) 1988 tarihinde yayın hayatına başlamıştır. İlk sayısında Türk Tarih Kurumu tarafından desteklenen kazıların raporları yer almıştır. 21 yıl aradan sonra 2010-2015 yılları arasında 7 sayı çıkaran dergi yayın hayatına 6 yıl ara vermiştir. Derginin, Türkiye’deki arkeolojik kazı ve araştırmaların sayı ve nitelik bakımından artması dolayısıyla doğan yayın ihtiyacı gözetilerek, 2022 Mayıs ayından itibaren yılda 2 sayı olarak düzenli bir şekilde yayımlanmasına karar verilmiştir.